mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATTGAGCCGCGCCAATATC TATTGACACGGTTCAACCTCA TTAGGCACCTACCTACACTAGGTATTGACACGGTTCAACCTCACCGTAATGTCAATGAACTAACTCGACTTTATGGTTTGATTGAGCCGCGCCAATATCTTGTGCTTTTTACCTTAATT 4 0 3' arm Theobroma_cacao mirbase MIR171_1 0.000002 ptc-MIR171k 0.000001 -36.72 .((((......))))(((.((((((((.(.((((((((.(..(((((((.(((.............))).)))))))..).)))))))).).)))))))).)))............... (-36.72)