mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGATTGAGCCGCGCCAATATC TGTTGGTGAGGTTCAATCCGA GGGAAGCAAAAAGAAAGCGATGTTGGTGAGGTTCAATCCGAAGACGGATTTACGCATGCATTCAGTCGTAAAATACGATCTCAGATTGAGCCGCGCCAATATCACTTTCCAAAAATATATGCC 2 0 3' arm Theobroma_cacao mirbase MIR171_1 2e-31 ptc-MIR171c 2e-33 -43.8 ............(((((.((((((((((.(((((((((.((.((((..((((((..((....))..))))))...)).)))).))))))))).)))))))))).))))).............. (-43.80)