mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATTGAGCCGTGCCAATATC TATTGGTGCGGTTCAATCGGA ACACAGGAGTTTGCCATCGAGATATTGGTGCGGTTCAATCGGAGAGCATCACTCTAAAGGGTAGAGTTCTGTTATTTGATTGAGCCGTGCCAATATCACGTACAACTGCTCATGATT 2 0 3' arm Theobroma_cacao mirbase MIR171_1 8e-27 rco-MIR171b 0.000000000006 -53.24 ...((.((((.......((.((((((((..(((((((((((((.((((..((((((.....))))))..)))).)))))))))))))..)))))))).)).......)))).))... (-53.24)