mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATTGAGCCGTGCCAATATC TGTTGGCTCGGTTCACTCAGA TTGGTTGCAATAGTCACTACGATGTTGGCTCGGTTCACTCAGACAAAATCAACCCTACGCTTCTCAAGCACACACACACAAAAAAAAGAGCTTTAGATTTTGCGTATCTTCCATGTGTTTTGATTGAGCCGTGCCAATATCCTAGTGCCTTTTCAATTCAC 2 0 3' arm Theobroma_cacao mirbase MIR171_1 0.0000002 rco-MIR171f 0.0000001 -51.56 ..(((((.((.((.(((((.(((((((((.(((((((.(((((((..........(((((.(((.((((....................)))).)))....))))).........)).))))).))))))).))))))))).))))).)).)))))))... (-51.56)