mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATTGAGCCGTGCCAATATC TGTTGGAATGGCTCAATCAAA GCACAAAGAGAAAACGGGGATGTTGGAATGGCTCAATCAAATCAAATCTCCCAAGCTTTTTATGGGTGTTTTAATTTGATTGAGCCGTGCCAATATCACGTTAATTACTTATCTTCA 1 0 3' arm Theobroma_cacao mirbase MIR171_1 8e-27 vvi-MIR171i 3e-23 -44.2 ............((((..((((((((.(((((((((((((((.(((.(.((((.........)))).).))).))))))))))))))).)))))))).))))............... (-44.20)