mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATTGAGCCGTGCCAATATC TATTGGCCTGGTTCACTCAGA CTACATGAAATAGTAACTGTGATATTGGCCTGGTTCACTCAGACATTCAATGACAGCACTTTCTGAAGAGTAAAGCATTTTGCTGGTTTTGGTCTGATTGAGCCGTGCCAATATCTTAGAACTCTTTCATATCTC 2 0 3' arm Theobroma_cacao mirbase MIR171_1 0.000000002 sly-MIR171a 0.00000000003 -49.4 ....((((((.(((..(((.(((((((((.(((((((.((((((...(((...(((((((((((....)).)))).....)))))...))))))))).))))))).))))))))).))).))).))))))..... (-49.40)