mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAATCTTGATGATGCTGCAT GCAGCATTATCAAGATTCATA ATCAGTCGTTTTTTGCTGCTGCAGCATTATCAAGATTCATATGCAAATATAGTACGGCAGCCGTGGTCCCGGTACCGCGATTGTTTTTTTTCAGATGCCATAGCTTTTATTTGAGCATGAGAATCTTGATGATGCTGCATCGGCCATAAATGACTTCACA 2 0 3' arm Theobroma_cacao mirbase mir-172 0.00000000004 gma-MIR172a 0.000000000002 -66.5 ...((((((((...((((.(((((((((((((((((((.((((((((((.(((..((((..((((((......)))))).(((........))).))))...)))..)))))..))))).))))))))))))))))))).))))...))))))))..... (-66.50)