mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGAATCTTGATGATGCTGCAT GCGGCATCATCAAGATTCACA CAATCTGTCAGTGTTTGCAGATGCGGCATCATCAAGATTCACAAACTTTAGTAAGGGCTTCTTTTGGAGGCCGGGGAGTGGTAACCAATCACCTCCTTTACTCGAAAGTTACCTTTCAAATGGGAATCTTGATGATGCTGCATCAGCAAACATATTGGCTATT 1 0 3' arm Theobroma_cacao mirbase mir-172 0.0000000000002 aly-MIR172e 0.0000000001 -75.5 ......((((((((((((.(((((((((((((((((((((.((......(((((.((((((.....)))))).((..(((((.....)))))..)).))))).(((((....)))))...)).))))))))))))))))))))).))))))))..)))).... (-75.50)