mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAATCTTGATGATGCTGCAT GTAGCATCATCAAGATTCACA TTGACAGTCGTTGTTTGCGGGTGTAGCATCATCAAGATTCACATGCAAATGCACGGTGGTGGTGATGGATAATACAAACTCTCTTCTTTTTTTCTCCCCTTCCCCTTTCTTTTCCCTTCTCCTTTATGCCAAAGTTGTTTGGAAAGTGAGAATCTTGATGATGCTGCATCGGCAATAAACGACTATACA 1 0 3' arm Theobroma_cacao mirbase mir-172 8e-19 gma-MIR172b 5e-20 -66.33 .....(((((((..((((.(((((((((((((((((((((.(((.((((((.((..((((((.((.(((...........................................)))..)).)).....))))..))))))))....))).))))))))))))))))))))).))))..)))))))..... (-66.33)