mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGACTGAAGGGAGCTCCT GGGCTCCTTTCAGCCTAAAAC TGAGAAATAATTAGAAGTGGGGGCTCCTTTCAGCCTAAAACAGCTTCAAGATTTTGGTCTTGTGGCCTATCTAAGCTCTTCTTGATATTTGCTTTGGACTGAAGGGAGCTCCTAATTCTTTATTTTCTCCGGT 1 0 3' arm Theobroma_cacao mirbase 100 csi-MIR319 0.000000007 -53.09 .((((((.....((((.((((((((((((((((.(((((.(((..((((((....((((....))))............))))))...))).))))).)))))))))))))))).))))....)))))).... (-53.09)