mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCAAAGGGATCGCATTGATCC ATCATGCTATCCCTTTGGATT GCCAAGTACTAGAGGAGGCATCCAAAGGGATCGCATTGATCCTTTATTTTCAACCCTTTCTTCTTTCTCACAATTTTGGATCATGCTATCCCTTTGGATTCCTCCTTTGGTTAGCTTT 1 1 5' arm Theobroma_cacao mirbase 100 vvi-MIR393b 0.0000000000001 -50.95 ...(((((((((((((((.((((((((((((.((((.(((((...................................))))))))).)))))))))))).)))))))))))..)))). (-50.95)