mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCAAAGGGATCGCATTGATC TCATGCAATCCCTTCGGAAT TTCTTAGGCAGGTGGAGAGCTCCAAAGGGATCGCATTGATCTAATATTGTTCCTGGATTACCGAATGAATTCATGGAGGCAACTGGTATAAGCTTTTGTTGATTCAGTTCACTCATTGGATCATGCAATCCCTTCGGAATTTTCCATCAGTAGCTCTA 2 1 5' arm Theobroma_cacao mirbase 100 ghr-MIR393 0.0000000000001 -55.5 ....(((((.(((((((((.(((.(((((((.((((.((((((((....((((((((((........)))))).))))..((((((....(((....)))...)))))).....)))))))))))).))))))).))).)))))))))....)).))) (-55.50)