mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGCATTCTGTCCACCTCC AGGTGGGCATACTGCCAACT AGGGCTTCTTACAGAGTTTATTGGCATTCTGTCCACCTCCCATCACAGAAAATCCCTTTCCTTTCCCCTCTCTTTCATGGAGGTGGGCATACTGCCAACTGGGCTCTGTTGGCTTCTCTT 2 0 5' arm Theobroma_cacao mirbase MIR394 0.00000000003 ghr-MIR394a 3e-26 -44.5 .(((((....((((((((((((((((.(.(((((((((((......(((.....................))).....))))))))))).).)))))).)))))))))).)))))..... (-44.50)