mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGCATTCTGTCCACCTCC AGGCGGCCAGTATGTCAAAC GGCCTTGTTGCAGAGCCAATTTGGCATTCTGTCCACCTCCATGAATGCTTCATGCATGATACCCCAGTTCAAAGTCATAGATCTTGGAGGCGGCCAGTATGTCAAACAGGCTCTGTAAATTTCTC 3 0 5' arm Theobroma_cacao mirbase MIR394 0.000000000002 ghr-MIR394b 0.000000000000007 -48.4 .......((((((((((..((((((((.(((.((.((((((.((((((((...((.((......))))...))).)))...)).)))))).)).))).))))))))..))))))))))....... (-48.40)