mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGAAGTGTTTGGGGGAACTC GTTCCCCTGACCACTTCACTA AGAGAGTCAGCTGTCCTCTGGAGTTCCCCTGACCACTTCACTAGAGGTTTCCTGGACCCTTAATAGGAAGAAACCTGACCTACTGAAGTGTTTGGGGGAACTCCTGTTGGCACCTGACAATGT 4 0 3' arm Theobroma_cacao mirbase mir-395 0.0000001 vvi-MIR395m 0.000000006 -58.6 .....(((((.((((..(.((((((((((..(.(((((((.((((((((((......(((....)))..)))))))...))).))))))).)..)))))))))).)..)))).)))))..... (-58.60)