mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGAAGTGTTTGGGGGAACTC GTTCCCCTGGGCACTTCAGTT TATGCCAGGTGCCCACTAGAGTTCCCCTGGGCACTTCAGTTGATTTCTTTAGAGCTCAAAACCTCTTACCTGTCTACTGAAGTGTTTGGGGGAACTCCGGTTGCCATCTGAGACAGT 2 0 3' arm Theobroma_cacao mirbase mir-395 0.000002 vvi-MIR395m 0.00000009 -57 ..(((((((((.(.((..(((((((((..(((((((((((.(((......((((........)))).....))).)))))))))))..)))))))))..)).).)))))).).)).. (-57.00)