mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCCACAGCTTTCTTGAACTG GTTCATGAGAGCTGTGGAAAA CCGAGGTTCTCTTTGTGATTTTCCACAGCTTTCTTGAACTGTGTCGAGAAAATCTGCATTCCCATGCAATGGTATACATACAACATTCGGCACCGGGAAAACACAGTTCATGAGAGCTGTGGAAAATTACTGAGAGGATCTTCTTT 1 0 5' arm Theobroma_cacao mirbase MIR396 0.0000005 csi-MIR396a 0.0000000001 -69.7 ..(((((((((((.(((((((((((((((((((.((((((((((.((.....))....(((((.(((.(((............)))...)))..))))).)))))))))).))))))))))))))))))).))))))))))).... (-69.70)