mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCCACAGCTTTCTTGAACTG GTTCAATAAAGCTGTGGGAAG ACATGGCCCTCTTTGTATTCTTCCACAGCTTTCTTGAACTGCTACTTCTTAGATCGTTCCTTCTTGTTGGCGGTGATGTTGCATGTGGGCTGCATACGGGTATGTTGTTGCAGTTCAATAAAGCTGTGGGAAGATACGGACAGGGTCAAAG 1 0 5' arm Theobroma_cacao mirbase MIR396 0.0000000006 gma-MIR396a 0.00000000000003 -62.96 ...(((((((.(((((((..((((((((((((.(((((((((.((........((((..(..((..(..((((.....))))..)..))..)...)))).......)).))))))))).))))))))))))..))))))).)))))))... (-62.96)