mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCCACAGCTTTCTTGAACTT GCTCAAGAAAGCTGTGGGAAA TTGAAGTCTTGGCCATGCTTTTCCACAGCTTTCTTGAACTTTCTTTGTGAACGACTCGATCTCAAAAATATTAGCTTATGCTAGATAATAGCTATATAGCACACCGAGGAAGCTCAAGAAAGCTGTGGGAAAACATGGCAATTCAGGACTTT 1 0 5' arm Theobroma_cacao mirbase MIR396 0.000000009 aly-MIR396b 0.0000000000005 -68.8 ..(((((((((((((((.(((((((((((((((((((.(((((((.(((.....................(((((....)))))......(((....))).))).))))))).))))))))))))))))))).))))))....))))))))) (-68.80)