mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCCACAGCTTTCTTGAACTT GTTCAAGAAAGCCGTGGAAAA AGTCCTCGTTTGCCATGTTATTCCACAGCTTTCTTGAACTTCTATGCTAGCTATAGCTGCACCAAAAGCGGCTAGCAAAATTATGAAGAAAAAATTGAAAGAGAAGTTCAAGAAAGCCGTGGAAAAGCATGACAGGACTTTTTACA 1 0 5' arm Theobroma_cacao mirbase MIR396 0.00000003 gma-MIR396c 0.0000000001 -60.9 ((((((.((....((((((.((((((.((((((((((((((((.((((((((...(((........))))))))))).((((.(......).)))).....)))))))))))))))).)))))).))))))))))))))....... (-60.90)