mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCATTGAGTGCAGCGTTGATG CCAGCGCTGCACTCAATCATG ATTCCCAGATGGAAGACACATCATTGAGTGCAGCGTTGATGAATTCTTTCACTTTTTGCCAACTCTATCTCAGATGAATTCGCCAGCGCTGCACTCAATCATGTGTTTTGCTCTTTCTGGAAA 2 0 5' arm Theobroma_cacao mirbase MIR397 0.000002 rco-MIR397 0.000000002 -54.55 ....(((((.(.(((((((((.((((((((((((((((.(((((((..((......................)).))))))).)))))))))))))))).))))))))).)....)))))... (-54.55)