mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGCCAAAGGAGAGTTGCCCTG GGGCTTCTCTCCTTTGGCAGG ATCACTAAGTGATCTAGTTGTAGGGCTTCTCTCCTTTGGCAGGTTATGTTCATCGAAAATAAATCAAGATCTAATTCTTCTATTCAACAATAACTCGCCAAAGGAGAGTTGCCCTGTAACTGATTCGACTTAATAA 3 0 3' arm Theobroma_cacao mirbase mir-399 0.00003 csi-MIR399b 0.0000000001 -51.4 .....(((((((..((((((((((((..((((((((((((..((((((((....((.......)).(((......))).......))).)))))..))))))))))))..))))))))))))..)).))))).... (-51.40)