mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGATTTGCCCGG TTACAGGGCAAAGATCTCCATTGGCAGG TCTCTGGTGCAGTTGCATTACAGGGCAAAGATCTCCATTGGCAGGCTGCCACTTTGGGTCACGAACCGAATTATGTGTTCCTATAGTGTGTCTTCTGCCAAAGGAGATTTGCCCGGCAATTCTTCCGCATTGATAT 2 2 3' arm Theobroma_cacao mirbase mir-399 0.00000000003 csi-MIR399a 0.0000000000005 -53.3 .....(((((((((((......(((((..(((((((.((((((((..((((((.((((.((((..........))))..)))).)))).))..)))))))).)))))))))))).)))))).....)))))..... (-53.30)