mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGCCAAAGGAGAATTGCCCTG GCGCAATTCTCCTTTGGCAGA AAGGGTAGAGAAGAATAACAGCGCAATTCTCCTTTGGCAGAAAATGTTGCACTTGTAGAAAAAGTGCTATATTATCCGCCAAAGGAGAATTGCCCTGCCATTCAACTACTCTACATC 2 0 3' arm Theobroma_cacao mirbase mir-399 0.000000007 ptc-MIR399g 0.000000002 -56.1 .(((((((....((((..(((.((((((((((((((((.((.(((((.((((((.......)))))).))))).)).)))))))))))))))).)))..))))..)))))))..... (-56.10)