mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAGAGGAGATTTGCCCTG GAGCAATTCTCCTTCAGCACA TGTGGAGTTGAGGAATTACAGAGCAATTCTCCTTCAGCACAAATGCTTATGCTCCTTCATAGTTCTATTTTGCCAGAGGAGATTTGCCCTGCCATTCACTCACACAATGAT 4 0 3' arm Theobroma_cacao mirbase mir-399 4e-16 ghr-MIR399d 0.000000000006 -35.1 ((((((((....((((..(((.((((.(((((((..(((.(((((.(((((......)))))...))))))))..))))))).)))).)))..)))))))).))))..... (-35.10)