mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGAATTGCCCTG GTGCAGTCCTTCTTTGGCACA TGTGCAGTTGACGAATAACAGTGCAGTCCTTCTTTGGCACAGAGAAGACATGGCATACGTGACTTCTGTTTTGCCAAAGGAGAATTGCCCTGCCATTCATTCCTGCAGTTAC 2 0 3' arm Theobroma_cacao mirbase mir-399 0.0000000000004 vvi-MIR399h 0.00000000000002 -44.8 ..(((((..((.((((..(((.(((((.(((((((((((.(.(((((.((((.....)))).))))).)..))))))))))).))))).)))..)))).)).)))))..... (-44.80)