mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGAGTTGCCCTG GGGCACCTCTCCATTGGCAGG GTCAATAAGCAAACCAGTCAAAGGGCACCTCTCCATTGGCAGGTAATATTGTGATTACTGCTGTAATTAATTATGCAAAGTGGGACTCCCCGGCCCTGCACTTCATTTCACAGACTTGCCAAAGGAGAGTTGCCCTGTGACAGATTCAGCTTAATGC 3 0 3' arm Theobroma_cacao mirbase mir-399 0.000002 vvi-MIR399b 0.000000002 -60.92 ..((.(((((......((((.((((((.((((((.(((((((((....((((((((((....)))).......((((..((.((.....)).))..)))).......))))))))))))))).)))))).)))))).)))).......))))).)). (-60.92)