mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAGATTCACGCACAAACTCG GGTTTGTGCGTGAATTTAATA AAAGGAGGAGGCAGATTTCAGGTTTGTGCGTGAATTTAATAAAACCGTAAGCCACAAAAATCTGGAAGGTGGATTTAGTTTCATGTTAGATTCACGCACAAACTCGTAATCTGTCTTTTCATTCTT 2 0 3' arm Theobroma_cacao mirbase MIR403 0.000000002 aly-MIR403 0.0000000000004 -53.22 ....(((((((((((((.(..((((((((((((((((((((((((..((((((((.............)))).))))))))..))))))))))))))))))))..).)))))))))))))...... (-53.22)