mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGACAACGATAGAGAGCACGC GTGCTCTCTCTCGTTGTCAAT ACAGCTTTGTACATATCATATGACAACGATAGAGAGCACGCTTGTACACATCCATGTCCTTGCAAGAATGCCAACGAGCGTGCTCTCTCTCGTTGTCAATTGATAATGTGTCAAATCTCA 1 0 5' arm Theobroma_cacao mirbase MIR535 0.0000001 vvi-MIR535c 0.000000000002 -54.2 ..((.(((((((((((((..(((((((((.(((((((((((((((...(((.(.(((....))).).)))...))))))))))))))).)))))))))..)))).))))).)))).)).. (-54.20)