mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAGATGACCATCAACAAACA TTTGTTGATGGTCATCTTGTC AAATTATGCATTATTGAATATGTTTGTTGATGGTCATCTTGTCATTTTTTCACCTCTTCTTGGCCTTGTACCAGTTGCCAGTACCAAGTTCGTGTGCAGAATGATGCTTAGATGACCATCAACAAACACTTTCATCGTTTTGCATTCT 2 0 3' arm Theobroma_cacao mirbase 100 ghr-MIR827b 0.0000001 -54.2 .....(((((..((((((..(((((((((((((((((((.((((((((..(((.....(((((.((.(((.....))).))..))))).....))).))))))))....)))))))))))))))))))..))))..))..)))))... (-54.20)