mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAATCTGCATCCTGAGGTTTA GCCCTCGGGAGTGCAGATTACC AAATATTGGTAAGGACCGGGTAATCTGCATCCTGAGGTTTAGATCTACATGTAATACTTGTTGCATCTAGCCCTCGGGAGTGCAGATTACCTCTTCCTCACTGGCAATACA 1 1 5' arm Theobroma_cacao mirbase 100 bra-MIR2111a 0.000000000001 -50.3 .....(..((.((((..((((((((((((((((((((.(((((((.(((.(.....).))).).)))))).)))))))).))))))))))))..)))).))..)....... (-50.30)