mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCCCGT GGGAATGTTGTTTGGCTCGAGG TTCCCTTCAGAATCAAATTCATTGTTTGATTTTTTTTGAGAGGTTATGGTTGATGGGAATGTTGTTTGGCTCGAGGGTCATCTAGGTTTTCAAAATTTTCTCGGACTTTCTTTCTTGCTTTTATTTTTCCAGGAAAATTATGTTATTTGCCTATGTGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCGTCAACCGACGGTTTCTCTCTT 4 0 3' arm Citrus_reticulata mirbase mir-166 0.000000003 csi-MIR166b 2e-90 -75.25 ........((((((((((.....))))))))))....((((((...(((((((((((((((..((((((..(((((.((((.(((((...((.(((((((..(((......................)))..))))))).))......))))).)))))))))..))))))..)))))))))))))))......)))))).. (-75.25)