mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATTGAGCCGTGCCAATATC TATTGGTGCGGTTCAATAAGA AATATGACAGGAATATGCAGGATGCTGGAATCTTGTTTCCTATCTTTTGGGGGTTAAAATGAAGATTGTGGTGACCATTTTGGAGGATGGATGGGTACAACGGGATATTGGTGCGGTTCAATAAGAAAACGGTGCTCAATACTTTTTGAGCTCCGCTTTTTGATTGAGCCGTGCCAATATCACGTGCCACTCGCTCTCTAA 3 0 3' arm Citrus_reticulata mirbase MIR171_1 2e-22 ccl-MIR171 4e-76 -81.8 .....((.(((((...(((((((......)))))))))))).)).......(((((..(..(...)..)..)))))...((((((..((..(((.....(((.((((((((..(((((((((.(((((.(((.((((((......)))))).))).))))).)))))))))..)))))))).))).)))..))..)))))) (-81.80)