mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GAGCCAAGAATGACTTGCCGA GGCAGGCCATTCTTGTCTCAA ATCAAGTGCTACCTTATATACAGAATAGAAAGAATAACAAAGGTTGGAAATTGGTCTAGGGTTTCTTATATGAAGGGATAAATAGAGGATCTAGAGCCAAGAATGACTTGCCGACGGCATTGACCATAATATCATACGGCAGGCCATTCTTGTCTCAACTCCGCTCTCTATCTTCTCATCTGAGACTCTCGGACACTGACAACCAACCTCAGCAATGCAGCACCAGATGATTCTTTCTATTCTCAGGTGATCTATGATACTATGCTCATCTAATGAGCTCTGCGTCACATTTTTATTTTTCCCCCATTTTTCTGACTTCTCCTCCTTGAGCCATTTTTCCAGATCCATGAACAGTACAAAATCTCTATTACAACCAACAGAGTTAAGCAATGCTGTTCTTAATCATAAGCTTATTTTAGGGTGGCATATATTTTGCAATAATCTAGTTAGAAATAATTAAAAGTTTTTTCTTGGAGCTTTGGCGTTTCTCCTGGCATTTGTACAACCTTTTATGCAAACAGTTGTAGAATTGGGGATGACACAATCTTTGGTTGGAGTGTGATTTTATGCTGTATTTATTATGCACACAATAGCAGGCTCGTCGATCCTCTGTTCATGCAAGAACTAGAGCGAAGGAATAGATAGCTTGATTATCGAACAAATTAAAATAATTAATCGTGCATCAATTTTGACAAGGAGTGAGGAACCTCTCCTCATCTGCATTATCATGAAATTTTAATAATTTTGTACATATC 3 0 5' arm Citrus_sinensis mirbase 100 100 -198.81 .....((((....((((....((((((((((((((.....(((((((......((((((((((((....((((..(((((.(.((.(((....(((.((((((((.(((((((..(..((((....))))..)...))))))).)))))))).)))...))).)).).)))))..))))..)))))))).))))........)))))))..((......))........))))))))))))))(((((((....(((..(...((((((...))))))...)..))).............................((((((((((((......................((((((.((((((.(.(((.((((((((((((((..(((((((..((((..................))))..))))......))).......((((((....))))))...............)))))))..((.((((((..((.((.((((((..(((....)))..)))))).)).)))))).)).)).....))))))).)))).)))))).)))))).......((((((.(.((((((((((.(((..((((.(((((............))))).))))...))))))))).)))).).....(((((.....))))).)))))).........))))))).)))))........)))))))..................))))....))))..... (-198.81)