mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGAGCCGAATCAATATCACTC GTGATATTGGTTCGGCTCATC CAGGCAGAGAAAGCACTTCTTGGCGATTGGAGAAGTAGACATGGTGTGATATTGGTTCGGCTCATCTTAATTAATAGATTCATATTTCAGCCCTTAAGGTTCTTACATGTATATATCTAGACGAGCCGAATCAATATCACTCTTGTATGCTTCTTTCTTTTGATT 2 0 3' arm Citrus_sinensis mirbase MIR171_2 0.0000000000007 csi-MIR479 1e-75 -54.8 ...((.(((((.....))))).))....(((((((((.(((.((.((((((((((((((((((.(((........((((..((((...((((.....)))).......))))..))))))).)))))))))))))))))).))))).)))))))))......... (-54.80)