mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAATCTTGATGATGCTGCA CAGCGTCCTCAAGATTCACA GTCACCTTAAAACAGTCGTTGCTCGCTGTAGCAGCGTCCTCAAGATTCACATCCAGTCTAAAGGCAAAAGCAGCAATTTTTCTTCATTTTTGCTTGCCTTGGTTTTTGTCAGTGAGAATCTTGATGATGCTGCAACGGCGATTAATGACTAGCTACCAACAA 3 0 3' arm Citrus_sinensis mirbase mir-172 0.000009 csi-MIR172b 9e-52 -63.3 .............((((((((.(((((((.((((((((.(((((((((.(((.(((....((((((..(((((.(((........))).))))))))))).....)))...))).))))))))).)))))))).))))))).))))))))............ (-63.30)