mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAATCTTGATGATGCGGCAA GCAGCGACGTCAAGATTCACA TTGCTCGCTGTAGCAGCGACGTCAAGATTCACATCCAGTCTAAAGGCAAAAGCAGCAATTTTTCTTCAGTTTGGCTTGCCTGGGTTTTTGTCAGTGAGAATCTTGATGATGCGGCAACGGCGATGAA 4 0 3' arm Citrus_sinensis mirbase 100 csi-MIR172a 7e-52 -44.3 ....(((((((.((.(((.(((((((((((.(((.(((.....(((((..(((...((((.......))))..))))))))......)))...))).))))))))))).))).)).))))))).... (-44.30)