mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATCCAAAGGGATCGCATTGATC CGATGCTATCCCTCTGGATTC TTCTGCAACTAGAGGATAAATCCAAAGGGATCGCATTGATCCTAAGCCTTAATTATAATTCCCATACTTAATATTCATTAGGACGATGCTATCCCTCTGGATTCCTCCTTCGGTAGCTCATATGTATATATATAATCTCTACATA 2 1 5' arm Citrus_sinensis mirbase 100 aly-MIR393a 0.000000002 -46.34 ....((.((..(((((..((((((.((((((.((((((.((((((......((((.............)))).....)))))))))))).)))))).))))))..)))))..)).))...((((((.............)))))) (-46.34)