mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGAGTTGCCCTA GGGCTTCTCTCCTTTGGCAGG GAAGCAGTAAGCGATTTAGTTGTAGGGCTTCTCTCCTTTGGCAGGTGATGGCCAAGGGCAAAGATCATATAATATATATTTATATGGTGCCTATTCTAATTATTGTTCTATTTTTTCAATGACCTGCCAAAGGAGAGTTGCCCTATAACTGCTTCAGCTTTTAAATAA 2 0 3' arm Citrus_sinensis mirbase mir-399 0.00001 tcc-MIR399a 0.0000000001 -68.5 ........((((((..((((((((((((..((((((((((((((((.((.(((...)))....(((((((((.......)))))))))..............................)).))))))))))))))))..))))))))))))..)).))))........ (-68.50)