mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGAATTGCCCTG GTGCAGTCCTCCTTTGGCGTG TCAATACAAAGTGACAATGTGGTTGAGGAATAACAGTGCAGTCCTCCTTTGGCGTGCAGATTGCAAAGAGATAATGCATATTATTTCATTCATTTGCATCCTTCTGTTTGCCAAAGGAGAATTGCCCTGCCATTCACTCTCGCAGCTAG 2 0 3' arm Citrus_sinensis mirbase mir-399 0.000000009 csi-MIR399e 1e-26 -55.6 .................(((((..(((((((..(((.(((((.(((((((((((.(((((.((((((((((((((....)))))))).....))))))....))))).))))))))))).))))).)))..)))).))))))))..... (-55.60)