mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGAGTTGCCCTG GGGCACCTCTTACTTGGCATG AAAGCAGTTTTAGGGCACCTCTTACTTGGCATGCAATGGTGATTTATTGGTGCAATAATCAGCATTATATTGGTTAATTCGATATCAATCCCACTGATATGCCAAAGGAGAGTTGCCCTGTGACTGCTTC 3 0 3' arm Citrus_sinensis mirbase mir-399 0.0000005 vvi-MIR399b 0.0000000001 -56.5 .((((((((.(((((((.(((((..((((((((((.(((.((((...((((((........))))))((((((.....))))))..))))))).)).))))))))..))))).))))))).)))))))). (-56.50)