mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAACACGAACCGGGACTAAAG TTAGTCTCGGTTGGTGTTACC GATCGATTTTTAGTCCCGGTTGGTAACACGAACCGGGACTAAAGATCGGTCAGCCACGTGGCTGGCTGATCCATCTTTAGTCTCGGTTGGTGTTACCAACGGGACTAAAGATCTATG AAACAACTGTCTCAAAATCAGTTAATTAGTAGCTTAGATAGCAAAGATCATCGGAGGATCGGCGATGGCGGCGGCGCTCAGGACCACCGGCGGCCGGCGGCTGGCGGCGGTGCTCGTCATGATGCTGTTCGTCTTGGCGGCAGCGCTGCTGGAGGCGCCAGCGATGGCCTCCGCCGCGAGGGTGTTGCTTCAAAGTGGACAGCTTCCGACTCCGTATCCGACCTGCAATCCAGGCCAATATCCATGCCCATCGCGTACTACTGTGCCATGATTCACTGGTGGAGAAATCGTTTGTAGTCCCGGTTCGTAATCCCCCTTTAGTCCCGGTTGTCTAATCGGGACTACGAATCCGAGACTAAAAATAGCGATTTTTAGTCCCGTGTGAAATAACCGGGACTAAAGATCGATTTTTAGTCCCGGTTGGTAACACGAACCGGGACTAAAGATCGGTCAGCCACGTGGCTGGCTGATCCATCTTTAGTCTCGGTTGGTGTTACCAACGGGACTAAAGATCTATGTACCATTTTTTTTTATTTGCATTGCCATGTTTGCTGCATGGTTGATTATACACACCATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATACATACATATATACATATATACCTATATATATATACCTATATATATGCGCATGTTATATGTCACACAACAATTTACCCGCTTTTCATGTTAAAGGCTCAACTTAATGACACATTTGTTGCCAAATATTAAACCAAGAGAAGAGCCCAATAAAAGAATTATAACGCACATAACAAACGAGACCACATGGAGGCGAAAAAGAACTAAGAGACTG 1 0 5' arm Oryza_sativa mirnest 100 100 -72.8 ....((((((((((((((.((((((((((.((((((((((((((((.(((((((((......))))))))).)))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))).... (-72.8)