mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGCACTGCCTCTTCCCTGGC CGGGGAACAGGCAGAGCATGG AGGTAATAATAACTCTTTGGTGTGTGCGTGAGAGAGAGGCAAGAAGCAAGAGACAAAAGACGGGGAACAGGCAGAGCATGGATGGAACCATTAACAGGTTCTCTGTTTTGGCTCCTCCCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCTCTGCCTTCCT 4 0 3' arm Citrus_sinensis mirbase MIR408 4e-17 ptc-MIR408 2e-18 -63.1 ............((((((..((....))..)))))).((.(((..(((.((((.......(((((((.((((((.((((((..(((.(((..(((((.....))))).))).)))..)))))).)))))).)))))))..)))))))))))). (-63.10)