mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGAGACAAGTGAGATGAAAGA TTTCTTCTCTGTTTGTATTCGAT GGAGAACACGTACCAACGAAACGAGACAAGTGAGATGAAAGAGCGGGAAAAGGACTGGCACGTAAAGTTGTTGCAGAGCAGGACGAGGGTTGAAAATTGATATATTATCGCATTTTGGTTTGTGTCATTCGAAGCTCAGCTCCCTCAACTGAACTTTCTTCTCTGTTTGTATTCGATTCGTTGAACTTAGTAAAC AACTTCTTAGCAGAATATAATCCATCCGCTCGAAAACTAAAATGACCGAAAAAGGAGAAGAAGAAGAAGAAATGAAAAAACGCAATTAACAATTAATTAAATAAATAACGCATGCACGCTTGCTGAACTAAGTAAAACTACTGAAATGAATATATTATTAAACACAGCAGTCAACATTTTAAATACGTATATCATTTACGAGTTAAATTTATAAAATAATTCAATAATAACAATAGTCTGTTTGAGATGTTATTTCATTATTACTAATGTTAATATTAATTAATGGAGACTACTAGCGACGAGATAAACGGAGAACACGTACCAACGAAACGAGACAAGTGAGATGAAAGAGCGGGAAAAGGACTGGCACGTAAAGTTGTTGCAGAGCAGGACGAGGGTTGAAAATTGATATATTATCGCATTTTGGTTTGTGTCATTCGAAGCTCAGCTCCCTCAACTGAACTTTCTTCTCTGTTTGTATTCGATTCGTTGAACTTAGTAAACGCGCAGCTGCCCCTTCACACCACTATTTCTCGTCCTTTAAATTTTTTAATTTGAAGTAAATAAAACACAATCGTCAAACAACACGTCATCACTTGAGAGGACGCGTGTCATGTTCCTAATTCGTCTCTTATTCAAAGAGAAATGAAGAGAAGACCAGATTAGAATCATAGCGAAGAAGACTGTAGCAGCAGCGTGGAATCAATCTGAACGAATTTGCTTCTTGTGGTCTCATACCATACCAGCCTCCCGTGGTAACGAATTTTCTTAGGTGCTTTGTTTTATACAGAATTTACTTGAAAAATGACATTTTTCCTCCTCCT 3 2 5' arm Citrus_sinensis mirnest 100 100 -44.7 .............(((((((.(((((((((.((((.(((((..(((....(((...(((.(((....(((((....))))).))).(((((......(((((((..((((.....)))).))))))).....))))).))).)))...)))..))))).))))..))))).)))).)))))))............ (-44.7)