mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTGGATTGAAGGGAGCTCCT GAGCTTTCTTTGGTTCAAAAT TTGTAAATTTGGGAGCTTTCTTTGGTTCAAAATGAGGAAAGAAAGTGGGTATACTCGTCTGCTTGTTCATGGATACCTCTGGGTTGCGCAGGATATATTAGTTAGGGCTACAGCTTAAGGGTTTGCATGGCCAAGGAGACGTTGCCTGCCTTCTCCTTTCGTTTCTTGGATTGAAGGGAGCTCCTACATGTATC 5 0 3' arm Populus_trichocarpa mirbase MIR159 2e-106 pta-MIR319 0.00001 -81.8 .........((((((((..(((..(((((((((((((..((((.(..((((....(((((.((((..((((.(.(((..(((((((.((..(((......)))...))..)))))))..))).).))))..)))).))))).))))..).))))..)))))))..))))))..)))..))))))))........ (-81.80)