mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTGGGGTGAAGGGAGCTCCT GAGCTTGCTCACTCCAGATC ACCATTAAATAGGAGCTTGCTCACTCCAGATCTGAAAGGAGGTGATAGGAAACCACTTCTGCTACTTCATGAATACCCGTGGGTGTGCGCGTAGCCATGGTGAGCTGCGCAGGCTAAGGGTCTGCATGTGCTAGGAGATGTGGTTGCCTTGATCTTTTTGGTCTTGGGGTGAAGGGAGCTCCTATAGTCCCA 2 1 3' arm Populus_trichocarpa mirbase MIR159 3e-105 ptc-MIR159f 0.0000000000002 -88.3 ........((((((((((.((((((((((..(..((((((......(((.((((((.(((.(((...((((...((((...(((.(((((((.((....))..)).))))).)))..))))...))))...))).))).)))))).)))...))))))..)..)))))))).)).))))))))))....... (-88.30)