mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCTGGCTCCCTGTATGCCA GCGTGCGAGGAGCCAAGCATA ACATGGGTTATGCCTGGCTCCCTGTATGCCACAAGCAAAGACCAATCTTTTGTTTTAGATTGGCTGTTGCCGGTGGCGTGCGAGGAGCCAAGCATACTCTCT 2 0 5' arm Populus_trichocarpa mirbase mir-160 9e-45 ptc-MIR160d 1e-34 -56.3 ....((((.((((.(((((((.((((((((((..((((((.(((((((........))))))))).))))..)))))))))).))))))).))))))))... (-56.30)