mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GAGCCAAGAATGACTTGTCGG GCCAGGTCGTTCTTGGCTCAA GTAGAGATCGAGCCAAGAATGACTTGTCGGCAGGCTAGCAATTGCTACGTATAGAGCAATATGTATGCTAGAATGAGTATTCCGCCAGGTCGTTCTTGGCTCAACTTTG 1 0 5' arm Populus_trichocarpa mirbase MIR169_2 4e-56 ptc-MIR169t 4e-19 -48.5 .(((((...(((((((((((((((((.(((((..((((((((((((.(.....))))))).....))))))..))......))).)))))))))))))))))..))))) (-48.50)