mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGCCAAGGATGACTTGCCGG GGCAAGCTGTCCTTGGCTATG TATCGTGGCGCAGCCAAGGATGACTTGCCGGCAAGCTCCTCACACGTATTTTGTTTCGAGTTTCATTGATGGCATTGCTAGATAGATATATATGATTTCGTAATTCAAACTTTTGGGCCATTGTCTGGTTGAAATGATCGGCAAGCTGTCCTTGGCTATGTCTCTA 4 0 5' arm Populus_trichocarpa mirbase MIR169_2 7e-90 vvi-MIR169w 0.0000001 -52.8 ....(.((((.((((((((((..(((((((...(((((...(((.......)))...)))))(((((.....((..(((((((((.....((((....))))..((((....))))....))))))))))).))))).)))))))..)))))))))).)))).).. (-52.80)