mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGACGACTTGCCTA GGCAGTCTCCTTTGGCTATC GAGGGTTGGGTAGCCAAGGACGACTTGCCTATTTCCTCCATGGGGTCCTGAAAAGAATGAAATACTGTCGTTCAGAGCTCATTGGTAGGGTTCATAGGCAGTCTCCTTTGGCTATCCTAACT 0 3 5' arm Populus_trichocarpa mirbase MIR169_5 9e-64 ptc-MIR169r 1e-16 -54.6 ...(((((((((((((((((.((((.((((((.(((((((..(((..(((((.((.........))....)))))..)))..))).))))...))))))))))))).))))))).))))))) (-54.60)